異位胰腺多數不引起任何癥狀，目前可以通過胃鏡、超聲胃鏡等進行檢查和診斷。僅少數病例因其部位較特殊診斷困難。
1.上消化道鋇餐檢查
幽門前區的異位胰腺，可引起幽門梗阻癥狀（梗阻型），上消化道鋇餐檢查可見幽門前區充盈缺損，表面光滑，界線清楚，基底部較寬、不活動。如在充盈缺損中心見到小鋇斑（似潰瘍龕影），稱為臍樣征。在切位片上，有時可見充盈缺損中有一細管狀致密影伸入其中，稱為導管征。臍樣征和導管征是異位胰腺的特征性表現。
2.膽囊造影
異位胰腺位于膽囊內，膽囊造影時可見膽囊壁上有充盈缺損，呈固定性。膽囊結石的負影可移動，據此可供鑒別；但與膽囊息肉區別困難。
3.內鏡檢查與活檢
位于胃、十二指腸內的異位胰腺，可行胃鏡或胰膽管鏡、十二指腸鏡、超聲胃鏡等檢查，了解其部位、大小和形態，并同發生于胃、十二指腸內的其他疾病進行鑒別。如能看到胰管開口，就能明確診斷。活檢證實為異位胰腺組織時，可以肯定診斷。