異染色體heterochromosome 亦稱為異質染色體；最初被用作常染色體（euchromosome）的對應詞，也就是說，對與常染色體在大小、形態和行為相異的染色體而命名的。T．H。Montgomery在半翅目昆蟲的精子形成過程中于靜止核內發現很容易被堿性染料著染的物質，被稱為染色質仁（chromatin nucleolus）。由于它是染色體或部分染色體異常固縮所成，故又將這種異常固縮的染色體命名為異染色體（heterochromosome）（1904），并將其成對的稱為雙異染色體（diplosome），不成對的稱為單異染色體（monosome）。以后又發現異染色體不僅異常固縮，而且在核分裂時表現出和其它染色體不同的種種行為，因為與常染色體有異，所以又稱為allosome（異染色體）。這樣的染色體多數就是今天所說的性染色體，因此通常它們都作為同義詞使用。上述的雙異染色體很多相當于X-X，X-Y對，而單染色體則相當于X-O形態。