心肌炎患者的預后取決于臨床表現如左室功能障礙、肺動脈高壓、血壓持續偏低、心率增快、心肌標志物變化情況。左室射血分數正常的急性心肌炎患者，預后較好，多可自愈且無后遺癥。血流動力學正常的暴發性病毒性心肌炎患者，長期預后佳，及早強化藥物治療和(或)機械循環支持患者的預后相對較好。類肉瘤病或巨細胞心肌炎患者，其預后取決于早期免疫抑制治療或心臟移植，未行心臟移植者，5年生存率39%。
心肌炎患者預后惡化的危險因素較多，包括以下幾個因素：暈厥、NYHA心功能分級增高、某些生物標志物(血清中Fas、Fas配體及IL-10的水平)、心電圖示QRS間期延長≥120ms、右室收縮功能不全、肺動脈壓增高、未使用β受體阻斷藥及心內膜心肌組織活檢示免疫組織化學炎性特征改變。
臨床工作中，應當對所有心肌炎患者進行長期隨訪，隨訪包括臨床評估、心電圖及超聲心動圖檢查，必要時可進行心臟磁共振檢查。