本病的病原菌是念珠菌，它不僅廣泛存在于自然界，而且也可寄生在正常人體皮膚、口腔、胃腸道、肛門和陰道黏膜上而不發生疾病，是一種典型的條件致病菌。白色念珠菌是本病的主要病原菌，此菌正常情況下呈卵圓形，與機體處于共生狀態，不引起疾病。另外念珠菌屬還有少數其他致病菌，如克柔念珠菌、類星形念珠菌、熱帶念珠菌等。念珠菌的致病性是相對的。念珠菌感染的來源可以是外源性的，即念珠菌病可由接觸外界菌體而受染。念珠菌感染也可自醫院環境獲得；但大部分感染屬于內源性感染，即自身口咽部、消化道、陰道等處的念珠菌。正常菌群因內、外環境改變和人體免疫功能下降而轉為致病相，從而引起感染。