1.內科治療
由于附睪炎的病因是細菌性而不是尿液逆流，所以應采用藥物治療。急性附睪炎的致病菌常由腸道細菌或銅綠假單胞菌引起，多見于中老年男性。抗菌藥物的選擇應按細菌培養以及抗菌藥物敏感試驗來決定。如對甲氧芐啶（復方新諾明）敏感，應每天口服2次共4周，特別是伴有細菌性前列腺炎者更為有用。若局部紅腫明顯，血白細胞數增多，體溫上升，應靜脈滴入抗生素，至體溫正常，改口服抗生素。
其他一般支持療法：在急性附睪炎期間應臥床休息。陰囊用人工托，可以減輕疼痛。如附睪疼痛較重，可用1%利多卡因20ml由睪丸上端處精索行局部注射，減輕不適，亦可用口服止痛及退熱藥。在早期可將冰袋放在附睪處，防止腫脹。晚期可用熱敷，加速炎癥消失，減輕患者不適。有時應用吲哚美辛（消炎痛）亦可減輕癥狀。急性期間避免性生活、體力活動，二者均可加重感染癥狀。
2.外科治療
絕大多數急性附睪炎經藥物治療后自行消失，但有3%～9%病例在急性期1個月發生膿腫。