一、細菌
1.空腸彎曲菌：人類腹瀉中約有3-4%由此菌引起，健康人帶菌約1%，空腸彎曲菌腸炎好發于5歲以下兒童。
2.鼠傷寒沙門氏菌：是感染性腹瀉病的重要病原，近年來呈廣泛流行，傳染性強，癥狀嚴重，治療困難，病死率高。
病毒 60年代初期，我國就有“秋季腹瀉”流行，均認為系病毒引起，實際上當時把病因不明的腹瀉均認為病毒性腹瀉。由于經濟和衛生狀況的改善和防治工作的不斷提高，病毒性腹瀉所占比例會越來越大。
二、病毒
1.輪狀病毒：1973年澳大利亞學者Bishop在電鏡下于急性腹瀉患兒十二脂腸粘膜活檢標本中，發現上皮細胞內存在大量球形病毒顆粒，根據其類似車輪狀形態，1975年命名為“輪狀病毒”（Rota Virus），該病毒是引起嬰幼兒腹瀉的主要病原之一，估計全世界40%的感染性腹瀉病多由輪狀病毒所引起，因其多發生在秋冬寒冷季節，故亦稱秋季腹瀉。
2.諾沃克病毒(Norwalk):是成人與年長兒流行性非細菌性腸炎的主要病因。
3.腸腺病毒：可引起腹瀉，正常人糞便中約5%亦能檢測出該病毒，對于其在腹瀉中的致病作用尚有爭議。
其它 由于檢測技術的提高，隱孢子蟲感染的報道日漸增多，它是遷延性腹瀉病的主要病原之一。白色念珠菌是真菌性腸炎的主要病原體，多發生于營養不良及長時期應用抗生素的患兒，腹瀉易呈遷延性。