檢查口咽及鼻咽粘膜彌漫性充血、腫脹、腭弓及懸壅垂水腫，咽后壁淋巴濾泡和咽側索紅腫；表面有黃白色點狀滲出物，下頜淋巴結腫大并有壓痛。體溫可升高至38°C，根據病原的不同白細胞可增多，正常或減少。
因慢性咽炎的病程發展緩慢，病變部位隱蔽，故往往早期不易明確診斷。根據臨床表現，仔細檢查咽部，對于咽反向敏感或不能配合檢查的病人采用纖維鼻咽鏡檢查。必要時做活檢，以明確診斷，排除鼻咽腫瘤。攝顱底X線片及顱腦CT或磁共振檢查有助于鑒別診斷。專家提醒，在慢性咽炎的診斷中，應注意與下列幾種病癥相鑒別：
1．慢性單純性咽炎。表現為咽部粘膜慢性充血
2．肥厚性咽炎。主要表現為咽部粘膜充血肥厚，粘膜下有廣泛的結締組織及淋巴組織增生
3．是慢性萎縮性咽炎。主要表現為粘膜層及粘膜下層萎縮變薄，咽后壁有痂皮附著，分泌減少。