慢性菌痢，有持續輕重不等的腹痛、腹瀉、里急后重，排粘液膿血便的痢疾癥狀，病程超過兩個月。
菌痢病情遷延不愈超過2個月以上者稱作慢性菌痢，多與急性期治療不及時或不徹底，細菌耐藥或機體抵抗力下降有關，也常因飲食不當、受涼、過勞或精神因素等誘發。依據臨床表現慢性菌痢的癥狀分為以下三型：
（1）急性發作型此型約占5%，其主要臨床表現同急性典型菌痢，但程度輕，恢復不完全，一般是半年內有痢疾病史或復發史，而除外同群痢菌再感染，或異群痢菌或其它致腹瀉細菌的感染。
（2）遷延型發生率約10%，常有腹部不適或隱痛，腹脹、腹瀉、粘膿血便等消化道癥狀時輕時重，遷延不愈，亦可腹瀉與便泌交替出現，病程久之可有失眠、多夢、健忘等神經衰弱癥狀，以及乏力、消瘦、食欲下降、貧血等表現。左下腹壓痛，可捫及乙狀結腸，呈條索狀。
（3）隱慝型此型發生率約2~3%，一年內有菌痢史，臨床癥狀消失2個月以上，但糞培養可檢出痢菌，乙狀結腸鏡檢查可見腸粘膜病變。此型在流行病學上具有重要意義。