1.血液
周圍血象的白細胞總數正常或輕度增高。白細胞分類正常或嗜中性粒細胞百分率正常或高于正常。血沉正常或加快。
2.腦脊液
腦脊液常規可以正常或有核細胞輕度增高的表現，腦脊液生化可有蛋白正常或增高的表現。免疫相關性腦炎或脫髓鞘腦炎患者可以出現腦脊液IgG合成率增高或者免疫相關抗體陽性等表現。
3.病原學檢查
腦脊液或腦組織（包括開顱探查或鉆孔穿刺的腦組織活檢和尸檢）病毒培養和分離、血清學檢查等對病毒性腦炎診斷有意義。腦脊液相關抗體檢查對免疫性腦炎診斷有意義。
4.腦電圖檢查
多數患者均有腦電圖異常，但其改變無特異性。常見的改變為彌散性異常及彌散性異常背景上的局灶性活動。病程中動態性腦電圖觀察有助于判斷病情的發展和預后。一般隨著病情的發展，腦電圖改變也加重；病情改善時，腦電圖也隨之好轉。
5.放射學檢查
頭顱MRI檢查特異性及敏感性都優于頭顱CT，有時可見大腦半球多發炎性病灶，對診斷及鑒別診斷有明確意義。