廣泛分布于自然界及動物體內（如鴿的腸道），正常人體的體表、口腔、糞便中也可以分離到此菌。為單細胞真菌，圓形或卵網形。因一般染色不被著色難以發現，故稱隱球菌。用墨汁負染后鏡檢，在黑色背景中可見透亮菌體，并可見肥厚、透明的莢膜。
當機體免疫力下降時，新型隱球菌主要經呼吸道侵入機體，引起肺部感染，若進入血流，易侵襲中樞神經系統，導致隱球菌性腦膜炎 。
