1.尿液常規檢查
（1）尿液采集 新生兒尿培養尿標本采集的常用方法有集尿袋和導尿法。
（2）尿液常規檢查 尿液沉淀后沉渣鏡檢，如白細胞>10個/高倍視野；或不離心尿標本的鏡檢，白細胞>5個/高倍視野，即應考慮為泌尿系感染。如尿中有管型尤其顆粒管型，提示腎實質已受損。
2.尿液直接涂片找菌
混勻的新鮮尿，亞甲藍或革蘭染色，若在油鏡下每個視野均能找到1個以上細菌，則表明尿內細菌在105/ml以上，有診斷意義。
3.尿培養及菌落計數
是確診的重要依據。采集此標本尿液的最佳方法是用恥骨上膀胱穿刺術采取尿標本，尿液采取后立即做細菌培養，若有細菌生長即可診斷。
4.尿液其他輔助檢查
尿溶菌酶、亞硝酸鹽還原試驗和氯化三苯基四氮唑試驗可作為輔助診斷。
5.其他檢查
如經久不愈或反復發作時，應做進一步檢查，包括腹部平片、靜脈腎盂造影、膀胱尿路造影、超聲波、腎掃描、腎圖等，以了解有無畸形或功能異常。