1.變應性曲霉病
變應性鼻-鼻竇曲霉病診斷標準：包括病史、皮試、及血清學證實的Ⅰ型變態反應，經病理證實鼻腔、鼻竇內存在變應性黏蛋白，組織學或真菌培養發現黏蛋白中有真菌菌絲，并排除其他病原以及侵襲性真菌感染。
2.侵襲性曲霉病
由于曲霉感染的臨床表現不具特異性，往往又易被原發病或繼發細菌，病毒感染掩蓋，加上傳統的真菌培養陽性率較低，有些部位培養陽性也很難確立是定植、侵襲或污染，因此臨床診斷非常困難。
正確的診斷建立在對患者的臨床表現、實驗室檢查、影像學所見和基礎疾病等多種因素綜合考慮的判斷上。關鍵在于從臨床標本中發現和分離出曲霉并能證實其確在組織中。自無菌標本中分離出曲霉及在病理組織中發現曲霉菌絲具診斷意義。血清學試驗有助于診斷。