雜交的雙方是所使用探針和要檢測的核酸。該檢測對象可以是克隆化的基因組DNA,也可以是細胞總DNA或總RNA。根據使用的方法被檢測的核酸可以是提純的,也可以在細胞內雜交,即細胞原位雜交。探針必須經過標記,以便示蹤和檢測。使用最普遍的探針標記物是同位素,但由于同位素的安全性,近年來發展了許多非同位素標記探針的方法。