流感病毒具有多形態,有的呈絲狀、有的呈桿狀,但一般為球形, 流感病毒屬于正粘病毒科
病毒的直徑為80-120nm,內有一直徑約為70nm的電子致密核心,其實就是病毒的核衣殼 。絲狀體長短不一,長度有時可達4000nm,直徑與球形病毒相同。流感病毒的結構主要包括內部的核心（即核衣殼）和外面的包膜（即病毒囊膜）兩部分。
1．甲、乙型流感病毒為8個節段,丙型為7個節段,每一個節段就是一個基因,決定流感病毒的遺傳特性,其基因組分節段的特點使本病毒具有高頻率基因重配,容易發生變異。流感病毒RNA外包繞的蛋白質中,三種分子量較大的蛋白P1、P2、P3均為RNA多聚酶,與RNA的轉錄有關,其他均為核蛋白。核蛋白的抗原穩定,很少發生變異,具有型特異性。根據核蛋白抗原性的不同,可把感染人的流感病毒分為甲、乙、丙三型。
2．病毒囊膜流感病毒囊膜由內向外,可分為內膜蛋白、類脂和糖蛋白三層。內膜蛋白（M蛋白）是包圍在病毒核心外的一層膜六結構,介于核蛋白與脂質雙層膜之間,與組成脂質雙層膜的類脂緊密結合,在維持病毒形狀與完整性上起重要作用。類脂層是脂質雙層結構,它來自宿主細胞膜或核膜,其中鑲嵌的兩種糖蛋白向外突出脂質雙層形成刺突,構成了流感病毒囊膜的第三層一糖蛋白層。糖蛋白層由兩種糖蛋白刺突組成,一種是神經氨酸酶（NeuraminidaseNA）,一種是血凝素(HemagglutininHA)。
神經氨酸酶是由4條相同的糖基化多肽所組成的蘑菇狀四聚體,具有酶活性,可水解宿主細胞表面糖蛋白末端的N-乙酰神經氨酸,有利于成熟病毒的釋放（抗神經氨酸酶抗體能抑制病毒從細胞釋放,但沒有中和作用）；神經氨酸酶的抗原結構較易發生變異,它是流感病毒亞型的劃分依據之一。