氟康唑靜脈注射與口服的藥代動力學特性相似。氟康唑口服吸收良好，且血漿濃度（和系統生物利用度）可達同劑量藥物靜脈給藥后濃度的90%以上。口服吸收不受進食影響。禁食條件下，服用氟康唑后0.5-1.5小時血漿濃度達峰值，血漿消除半衰期接近30小時。血漿濃度與給藥劑量成正比。氟康唑每日一次給藥4-5天后，可達到其穩態濃度的90%。
給予氟康唑飽和劑量（第一天），即相當于每日常規劑量的2倍后，其血漿濃度可在第二天接近其穩態濃度的90%。表觀分布容積接近體內水分總量。氟康唑的血漿蛋白結合率低(11-12%)。
研究顯示，氟康唑能夠很好地滲透到各種體液中。氟康唑在唾液和痰液中的濃度與血漿濃度相近。在真菌性腦膜炎患者的腦脊液中，氟康唑濃度約為同時間血漿濃度的80%。
氟康唑在皮膚角質層、表皮真皮層和分泌的汗液中可達到高濃度，甚至超過其血清濃度。氟康唑可在角質層中蓄積。氟康唑50毫克，每日一次，用藥12天后，其濃度為73微克/克，停藥7天后，其濃度仍為5.8微克/克。氟康唑150毫克，每周一次，用藥第7天，藥物在角質層中的濃度為23.4微克/克，第二次服藥7天后，藥物濃度仍達7.1微克/克。
氟康唑150毫克，每周一次，連用4個月后，在正常人和患者指甲中的濃度分別為4.05微克/克和1.8微克/克；并且在治療結束6個月后仍可在指甲中檢測到氟康唑。
氟康唑的主要排泄途徑為腎臟，接近80%劑量的藥物在尿中以原形排出。氟康唑的清除率與肌酐清除率成正比。未發現血循環中有氟康唑的代謝產物。
氟康唑的血漿消除半衰期長，因此可用單劑量治療陰道念珠菌病，每日一次和每周用藥治療其它適應癥。
一項研究比較了氟康唑兩種制劑單劑量服用100毫克后的唾液及血藥濃度，即口服膠囊及混懸液含漱并在口腔內保留2分鐘吞服。在氟康唑混懸液攝入后5分鐘可觀察到藥物在唾液中達到峰濃度，此濃度超過氟康唑膠囊口服后4小時藥物在唾液中所達到峰濃度的182倍。約4小時后，服用兩種制劑者唾液中氟康唑的濃度相近。氟康唑混懸液在唾液中的平均藥時曲線下面積（AUC0-96）明顯超過膠囊。從唾液和血漿的藥代動力學參數來看，兩種劑型的藥物消除率無明顯不同。