本病宿主動物和傳染源是嚙齒類。目前已證實鹿鼠是辛諾柏病毒的宿主動物，白足鼠主要攜帶紐約病毒和紐約1 型病毒。稻田大鼠攜帶長沼病毒，棉鼠攜帶黑港渠病毒。
傳播途徑：主要通過鼠類帶病毒的排泄物如尿、糞和分泌物如唾液等，以氣溶膠的方式傳播。此外，接觸攜帶病毒的動物亦可感染。阿根廷報告存在人與人之間的傳播。Hutchison 等從佛羅里達州南部捕獲的棉鼠(cotton rat)從脾臟中分離出引起HPS 的黑港渠病毒(BCCV)。他們應用健康的雄棉鼠在實驗條件下感染BCCV 獲得成功，他們發現這些感染BCCV 的棉鼠其涎腺、尿和糞中持久排出病毒，進一步的實驗發現接種BCCV 的棉鼠能夠傳播感染沒有接種BCCV 的關在另一籠子中的棉鼠。以上實驗說明BCCV 感染動物其攜帶病毒的情況和傳播途徑類似于漢坦病毒引起的另一類疾病——腎綜合征出血熱。
與腎綜合征出血熱不同的是，HPS 未發現母嬰垂直傳播。新近Howard 等報告5 例妊娠期婦女感染辛諾柏病毒(SNV)引起HPS。此5 例婦女年齡20～34 歲，妊娠13～29 周時發病，其中1 例死亡，有2 例流產。對流產的2 例胎兒和3 個胎盤作免疫組化檢查，均沒有發現漢坦病毒抗原。他們對另外3 例存活的嬰兒作血清學檢查，沒有發現存在抗體。因而認為沒有證據表明SNV 能引起垂直傳播。自從1993 年確認漢坦病毒肺綜合征在美國西南的四角地區流行以來，目前已證實本病在美洲和歐洲許多國家流行。在美國作為回顧性診斷，發現1959 年1 例符合漢坦病毒肺綜合征的臨床表現，經治療而痊愈的患者，1994 年隨訪時檢出抗SNV IgG 抗體。Zaki 等對1993 年以前死于非心源性肺水腫的82 例患者的尸檢組織進行免疫組化檢查，發現21 例均存在漢坦病毒抗原，證明是漢坦病毒肺綜合征，最早1 例是1978 年發病，漢坦病毒抗原廣泛沉著內皮細胞內與新近發生的HPS 相同。說明HPS 在20 世紀50 年代已經存在，但當時未形成流行，是人們并不認識本病而已。因而流行地區除美洲和歐洲外，很可能其他洲亦存在，尤其是我國作為流行性出血熱的高發區，存在的可能性更大，醫務工作者須注意觀察和發現。
人群對漢坦病毒肺綜合征普遍易感。根據1995 年美國122 例漢坦病毒肺綜合征病例報告，發病年齡11～69 歲，平均35 歲，男女比為55∶45。大部分患者居住在農村，此外動物學家和現場生物工作者亦易感本病。關于發病季節美國報告為春夏季，4～7 月為主，秋季亦有病例報告。