治療性乙肝疫苗主要分為基因工程蛋白疫苗、DNA疫苗、DC疫苗等。基因工程蛋白疫苗又分為：
(1)亞單位疫苗
用于慢乙肝治療的亞單位蛋白疫苗是通過基因工程方法生產的重組HBsAg，包含HBV包膜蛋白的不同組分(preS1、preS2、S)，并通過哺乳動物細胞及酵母菌系統表達。用此類疫苗治療慢乙肝，主要依據預防性疫苗的常規劑量，增加了免疫的次數，結果雖然提示具有一定的治療作用，但其作用只是暫時的。說明現有的疫苗需要改進，提高誘導特異性細胞免疫應答的能力。
(2)免疫復合物型疫苗
復旦大學醫學院聞玉梅等構建了HBsAg加人抗HBS免疫球蛋白作為免疫原性復合物型治療性疫苗，這種疫苗是通過改變對HBsAg的呈遞方式以誘生有效的免疫，消除免疫耐受性。抗體能對抗原的免疫原性起到增強的作用，在于增加抗原被APC細胞捕獲并加工處理，進而激活抗原特異性淋巴細胞，誘導發生免疫應答反應。免疫復合物型疫苗能使HBsAg轉基因鼠產生抗HBs抗體，還能清除部分HBsAg轉基因鼠的HBsAg，并產生抗HBs抗體。對14例伴有HBV復制的慢乙肝患者治療結果看，9例(64.3%)血清HBV DNA陰轉，6例(42.9%)HBeAg陰轉。
(3)多肽疫苗
由于蛋白抗原最終是通過APC細胞加工處理成表位多肽，與MHC分子結合后，被特異性的T細胞識別，激發免疫應答反應。所以對有效的抗原分子表位研究是研究趨勢。在對慢乙肝患者進行治療時，發現其體內產生的CTL應答反應明顯低于在正常人體內誘導的CTL反應。對攜帶者的病毒學癥及HBeAg血清轉換無任何影響。其原因可能是慢性乙肝患者體內Th1類細胞因子IFN-γ、IL-2分泌減少，Th1/Th2類細胞因子失衡所致。并且它具有嚴格的HLA-A2限制性，應用范圍有限。