滑膜軟骨瘤病主要需與滑膜軟骨瘤病相鑒別。滑膜軟骨瘤病的軟骨細胞常有輕度至中度異型性,細胞異性程度甚至超過了高分化軟骨肉瘤,因此良惡性的判斷不能僅依靠軟骨細胞的異型性,滑膜軟骨瘤病的軟骨結節不呈浸潤性生長具有重要的鑒別診斷價值。
滑膜軟骨肉瘤與色素沉著絨毛結節性滑膜炎的鑒別相對較易,后者不變現鈣化,具有更為特征性的MRI變現。