滑膜骨軟骨瘤為良性、自限性病變，滑膜切除或不完全性切除，尤其是在病變早期容易復發。即使術后復發，其進展也很緩慢，不致引起嚴重臨床問題。病變侵蝕關節面，可導致繼發性退行性關節病。滑膜骨軟骨瘤偶發展為軟骨肉瘤者，關節癥狀長時間存在，并演變為頑固性疼痛者提示為惡變。
治療原則是徹底清除游離體，徹底切除滑膜。有人主張要徹底清除游離體，只切除病變滑膜而不要求徹底切除滑膜，不必實施破壞或并無十分必要的手術。對疑似為滑膜骨軟骨瘤病者，如果書中發現滑膜正常，而不需切除滑膜，這些游離體可能來自關節病變。
