在早期研究中，將EBOV通過福爾馬林滅活或熱滅活后，滅活的EBOV不能對非人靈長類提供保護。此外，通過碘萘基疊氮化物滅活病毒，可保護機體免遭致死性病毒的攻擊，但如果使用γ射線滅活，就不會達到同樣的保護效果，說明滅活方法可能會影響病毒蛋白的結構和免疫原性。雖然滅活疫苗可避免預存免疫和載體本身誘導的免疫反應問題，但須在4級生物安全實驗室中操作活病毒，成本高，且面臨安全性等問題，限制了此類疫苗的發展。
