顱內炎性肉芽腫要與腦結核、腦囊蟲、腦腫瘤等疾病鑒別，
（1）腦結核：結核瘤往往與腦膜炎并存，行腦脊液檢查、結核菌素試驗和攝X線胸片可有助于診斷，典型的結核瘤CT增強后中心密度常似腦組織密度，環內容物可以強化或鈣化。
（2）腦囊蟲：常為多發，行血液或腦脊液囊蟲、免疫試驗檢查可助診斷，CT表現周圍水腫相對較輕。
（3）轉移瘤：常有原發灶，CT表現以小病灶大水腫為特征。
（4）膠質瘤：CT示多發生在髓質區，且周圍水腫明顯，占位明顯，腦組織、腦室及腦池等受壓變形。
（5）腦膿腫：CT的典型表現示平掃呈一大片狀不規則低密度影，邊緣不清，低密度影內隱約見密度稍高的環形或結節狀影，增強時病變影內密度稍高影呈環形或結節狀強化。但當CT掃描不易鑒別時應行MRI檢查明確診斷。