本病主要發生于青壯年，以15～35 歲為多見。高齡者以結腸受累為主。回盲部病變占50%以上，病變僅限于結腸者占10%，結腸和小腸均受累者占30%以上。起病多緩慢。
1.消化系統 腹痛是其最常見癥狀。疼痛多位于臍周和右下腹，為便前輕度絞痛或不適，便后可緩解。腹瀉一般每天3～6 次。由于膽汁酸、水和脂肪吸收障礙，故糞便呈半液狀。病變累及結腸時，可出現大便失禁，表現里急后重。在病程后期可捫及包塊。如病變發生在口腔和會厭部。則表現有口瘡樣潰瘍，口腔黏膜亦可有鋪路石狀改變。如累及聲帶，可發生聲音嘶啞。口腔病變一般常與腸道克羅恩病同時發生。食管受累主要表現吞咽疼痛、胸骨后痛、燒心感。胃及十二指腸受累可出現上腹痛、惡心、嘔吐等，還可并發幽門梗阻。
肝膽病變以膽管周圍炎和肝臟脂肪變性為多見，其次有壞死性肝硬化、肝門纖維化和慢性活動性肝炎，很少有肝膿腫、門靜脈炎、淀粉樣變性和肉芽腫性肝炎。腸道并發癥有：
①腸梗阻：是由于病變腸段纖維化、瘢痕形成和炎癥水腫所引起，約見于25%的病人；
②瘺管形成：內瘺在小腸結腸同時受累時發生率較高，外瘺多數發生于手術后；
③肛周病變：有肛周炎、肛裂、肛瘺、肛周潰瘍、肛周膿腫等；
④消化道出血：小腸局限性病變者多為隱血，結腸病變或廣泛小腸病變者以血便為主，少數病例可有大出血；
⑤腸穿孔：罕見；
⑥中毒性巨結腸：病人可出現大量腹瀉、惡心、嘔吐、腹痛、腹脹、毒血癥等；
⑦癌變及假性息肉：約1%的病人可并發結腸癌；
⑧吸收不良綜合征：最常見的是脂肪、脂溶性維生素和維生素B12 吸收不良，也可有蛋白質、電解質、葉酸、鈣、鎂、鋅等吸收不良，吸收不良的原因主要是遠端回腸功能失常，膽鹽吸收障礙，以及小腸襻內細菌過度繁殖而致膽鹽分解等。
2.皮膚結節性紅斑為本病常見的皮損，通常與疾病的活動性相平行，主要分布于下肢伸側，有的可形成潰瘍。壞疽性膿皮病是一種深的、壞死性潰瘍性皮膚損傷，疼痛明顯，多位于下肢脛骨前區，常伴有全身癥狀。病變為單個，也可為多發性或廣泛性。若不治療，病變可向深部發展而引起骨髓炎。其他皮損包括濕疹、斑丘疹、紅斑、蕁麻疹和多形性紅斑等。
3.關節炎
(1)周圍關節炎：有10%～20%的克羅恩病患者發生周圍關節炎，系克羅恩病最常發生的腸道外表現，并主要見于結腸受累的病人。其累及關節類似潰瘍性結腸炎，為亞急性非對稱性少關節炎。以膝關節最常受累，其次為踝關節，再次為肩關節、腕關節、肘關節、掌指關節。大關節較小關節易受累，下肢關節較上肢關節易受累。關節炎常不留畸形，但可引起關節疼痛、觸痛，有時可伴有關節積液。關節癥狀一般持續數周甚至一個月以上。
(2)脊柱炎：1%～25%的病人可發生強直性脊柱炎，應用嚴格標準確定約為5%。大多數病人骶髂關節癥狀不明顯。關節放射學檢查發現的骶髂關節炎要比有癥狀的骶髂關節炎多3 倍。脊柱炎可發生于腸道病變之前、之后或同時，且與腸道病變活動性不平行。控制腸道癥狀脊柱炎也不會緩解。部分病人可出現杵狀指，尤以小腸上段受累者多見。有杵狀者，其內瘺和吸收不良的發生率也較高。
4.泌尿生殖系統 尿路結石是克羅恩病常見的并發癥，多見于結腸切除和回腸造瘺術者。這可能是由于嚴重腹瀉或回腸造瘺使大量分泌物喪失，尿液濃縮，引起尿pH 值降低，而形成尿酸鹽結石。膽鹽吸收障礙，使小腸內草酸鹽吸收過多，也是引起尿路結石的原因。此外，梗阻性腎盂積水、腎周圍膿腫和腎淀粉樣變病及腸瘺管形成導致尿路病變等，也可引起尿路結石。
5.其他 病人可有不同程度的發熱。部分病人可出現瞼緣炎、結膜炎、角膜炎、角膜潰瘍和鞏膜炎等。眼部表現一般發生在腸道病變的急性惡化期，病情緩解時即消失，但可反復發作。此外，病人臥床休息、毒血癥、手術、凝血活酶生成增多及血小板增多等，均可引起靜脈血栓形成，偶爾也可出現廣泛性動脈血栓形成。