1.糞便常規檢查
肉眼觀以糊狀黏液膿血便為最常見，重癥者糞質極少，少數患者以血便為主，伴有少量黏液或無黏液。鏡檢可見大量紅細胞、白細胞，還可見嗜酸性粒細胞，急性發作期糞便涂片中常見有大量多核巨噬細胞。
2.病原學檢查炎癥性腸病病原學檢查目的在于排除感染性結腸炎，是本病診斷的一個重要步驟。
血沉(ESR)檢查
炎癥性腸病患者活動期ESR一般均見增高，ESR一般可反映病情活動性。國外報道，緩解期患者平均ESR為18mm/h，輕度活動者為43mm/h，中度活動者62mm/h，重度活動者83mm/h。ESR改變反映了本病活動期血清中某些蛋白質濃度的改變。當血清中某些蛋白質濃度，尤其是γ-球蛋白、纖維蛋白原和Y-球蛋白以及血細胞比容改變時，ESR會發生變化。由于與ESR有關的血清蛋白半衰期長，若臨床癥狀很快改善，ESR往往在臨床癥狀緩解后數天才下降。