1.膠原性乳糜瀉
小腸黏膜病變與乳糜瀉相似，但尚具有其他特征性病變，即小腸表面上皮下有較寬的膠原纖維染色及電鏡觀察都證明此帶為膠原纖維。早期膠原纖維呈片狀分布而不呈帶狀，所以活檢應多處取材才能觀察到病變。關于此病的性質有些作者認為是乳糜瀉的變種，有的作者認為屬一種獨立的疾病。此病患者對麥膠不過敏，病情比乳糜瀉更嚴重，預后不良。
2.腸道寄生蟲病
糞便蟲卵和寄生蟲檢查有助于鑒別。
3.炎癥性腸病
克羅恩病和潰瘍性結腸炎均有各自的X線特點。
4.麥膠性腸病
麥膠引起的腸病也可在熱帶發生，但給予無麥膠飲食可控制為臨床鑒別的要點。
5.維生素B12缺乏
維生素B12治療糾正貧血有助于鑒別。
6.亞臨床吸收不良
為熱帶國家極常見的一種地方病，可有相似的結構變化，但無癥狀。