(1)球狀蛋白質分子含多種二級結構元件；
(2)球狀蛋白質三維結構具有明顯的折疊層次，多肽鏈主鏈在熵驅動下折疊成借氫鍵維系的α-螺旋、β-折疊等二級結構，在一級序列上相鄰的二級結構往往在三維折疊中彼此靠近并相互作用形成超二級結構；
(3)球狀蛋白質分子是緊密的球狀或橢球狀實體；
(4)球狀蛋白質分子疏水側鏈埋藏在分子內部，親水側鏈暴露在分子表面，因此球狀蛋白質分子是水溶性；
(5)球狀蛋白質分子的表面有空穴(也稱為裂溝或口袋)，這種空穴常是結合底物、效應物等配體并行使生物功能的活性部位。
