甘油磷脂基本結構是磷脂酸和與磷酸相連的取代基團(X)；
甘油磷脂由于取代基團不同又可以分為許多類，其中重要的有：
膽堿(choline) + 磷脂酸 ——→ 磷脂酰膽堿(phosphatidylcholine)又稱卵磷脂(lecithin)
乙醇胺(ethanolamine) + 磷脂酸 ——→磷脂酰乙醇胺(phosphatidylethanolamine)又稱腦磷脂(cephain)
絲氨酸(serine) + 磷脂酸 ——→ 磷脂酰絲氨酸(phosphatidylserine)
甘油(glycerol) + 磷脂酸 ——→ 磷脂酰甘油(phosphatidylglycerol)
肌醇(inositol) + 磷脂酸 ——→ 磷脂酰肌醇(phosphatidylinositol)
心磷脂(cardiolipin)是由甘油的C1和C3與兩分子磷脂酸結合而成。心磷脂是線粒體內膜和細菌膜的重要成分，而且是唯一具有抗原性的磷脂分子。
除以上6種以外，在甘油磷脂分子中甘油第1位的脂酰基被長鏈醇取代形成醚，如縮醛磷脂(plasmalogen)及血小板活化因子(plateletactivating factor,PAF)，它們都屬于甘油磷脂。