β一甘露聚糖酶是水解1，4－β－D一吡喃甘露糖為主鏈的內切水解酶，作用底物主要是半乳甘露聚糖、葡萄甘露聚糖、半乳葡萄甘露聚糖以及甘露聚糖。不同來源的β一甘露聚糖酶對不同來源的底物作用深度及其水解產物是不相同的。β一甘露聚糖酶水解底物的方式和深度主要與α一半乳糖殘基和葡萄糖殘基在主鏈中的位置、含量、酯酰化的程度有關。底物本身的物理狀態也會影響酶對底物的作用，如結晶狀態的甘露聚糖不易被降解。甘露聚糖經β一甘露聚糖酶作用后，通過HPLC或紙層析方法分析，主要產物是低聚糖（一般2～10個殘基），產物聚合度的大小與酶和底物的來源有關，但相對來說產生單糖（甘露糖）很少或根本不產生。