沼氣發酵液中甲烷細菌的數量可用MPN法計數，測定接種的試管中有無甲烷存在，作為計數的數量指標。甲烷細菌數量與甲烷含量成正比，發酵裝置運行越好，甲烷細菌數量越多。作者曾于1991年計數了東北制藥總廠用UASB（上流式厭氧污泥床）處理制藥廢水消化液中甲烷細菌數量為4.2×105個/ml。
注意事項：
產甲烷細菌利用乙酸、氫和二氧化碳合成甲烷，也消耗了酸和二氧化碳，甲烷細菌及其伴生菌共同作用使pH穩定在一個適宜范圍內，不會使發酵液中的pH出現對沼氣發酵不利的情況。但當發酵條件控制不好，如溫度，進料負荷，原料中的C、N、pH等可能會出現酸化或液料過堿；前者較為多見，這樣會嚴重影響甲烷細菌的活動，甚至使發酵中斷。