概念上的區別：甲肝是由甲肝病毒(HAV)引起的一種病毒性肝炎。而乙肝則是由乙肝病毒(HBV)引起的、以肝臟炎性病變為主并可引起多器官損害的一種傳染病。
傳播途徑的區別：甲肝是通過糞、口途徑傳播，而乙肝是通過血液、母嬰、性生活和生活密切接觸等途徑傳播。
傳播范圍的區別：甲肝的傳染性非常強，只要接觸到甲肝患者用過的東西都有可能造成感染，甲肝的傳播范圍比較廣泛；而乙肝通過正常的接觸，比如握手、擁抱等是不會被感染的。
發病癥狀的區別：甲肝發病時一般會出現發熱、乏力、食欲不振、腹痛腹瀉、關節痛等癥狀；而乙肝發病時除了會出現甲肝的發病癥狀外，還會出現黃疸、腹脹、肝區疼痛等癥狀。
治療難度的區別：甲肝一般很容易治療，甚至有些抵抗力比較強的患者不用治療一段時間后也會自愈，而且愈后不容易反彈；而乙肝的治療難度比較大，治療過程比較復雜，而且愈后很容易復發。