遺傳毒性：在沙門菌營養缺陷性回復突變試驗或V79中國倉鼠肺細胞的次黃嘌呤鳥嘌呤核糖轉移酶（HGPRT）基因位點突變試驗中，均未見突變性。堿性磷酸酶洗脫結果表明，本品不引起V79中國倉鼠肺細胞的DNA鏈斷裂。在培養的人淋巴細胞中也不引起染色體的異常。體內試驗表明，大鼠和小鼠的微核試驗均為陰性結果，而且不誘發雄性果蠅后代的性交鏈隱性致死突變。此外，林可霉素也不誘發大鼠新鮮肝細胞的程序外DNA合成。
生殖毒性：
雄性和雌性大鼠經口給予林可霉素劑量達300mg/kg（按體表面積計算，為人用推薦最高劑量的0.36倍）時，未發現對生育力的損害。
尚無林可霉素的動物致畸性研究以及在懷孕婦女進行的充分和嚴格的臨床研究。
大鼠經口服給予林可霉素1000mg/kg（按體表面積計算，為人用推薦最高劑量的1.2倍）的生殖試驗表明，其對從剛出生致剛斷奶的動物后代的存活率無影響。
據報道，林可霉素在濃度達0.5～2.4mcg/ml時，可出現于人乳內。由于可能引起哺乳期嬰兒的嚴重不良反應，建議在權衡藥物對母親的利弊后，決定是中止還是停止林可霉素的使用。
致癌性：尚未見林可霉素致癌性的研究資料。