正常人小腸上段存在細菌，但不會致病。當進入小腸的細菌數量增多，腸腔內細菌清除延緩及免疫功能減退時可引起本病。小腸內的細菌過度繁殖可損傷小腸黏膜，降低腸道對營養素的吸收，消耗大量的維生素B12，造成維生素B12缺乏。另外，細菌可將結合性膽鹽分解為非結合性膽鹽，影響脂肪微粒的形成，減少脂肪物質的吸收，刺激腸蠕動，造成脂肪瀉和水瀉。
