1、直腸子宮內膜異位癥的遺傳因素：
子宮內膜異位癥患者中其姐妹（5.9%）及母親（8.1%）目前也患有子宮內膜異位癥，而在患者丈夫的女性一級親屬中，發病率僅為1%。因此，有學者認為此病是一種免疫監視功能混亂的遺傳性疾病。
2、直腸子宮內膜異位癥的生理因素：
生殖道梗阻加劇經血逆流，容易使子宮內膜異位癥病情進展。因此子宮內膜異位癥更容易發生于殘角子宮、處女膜閉鎖和陰道橫膈的患者中。
3、直腸子宮內膜異位癥的環境因素：
2，3，7，8-四氯苯二惡英（TCDD）是最常見的環境毒素。TCDD通過與雌激素結合刺激子宮內膜異位癥形成。