相比原核細胞mRNA，真核細胞內參與翻譯的mRNA具有以下不同：
（1）總是單ORF的（即每條鏈只能編碼一個蛋白），即單順反子。
（2）沒有核糖體結合位點（僅有部分含有較為保守的Kozak序列：G/A——AUGG，其功能尚不完全明確）。
（3）核糖體的招募需要5'端的特殊結構（5'端加帽），加帽的反應過程可以簡要表示如下：
PPP-→PP-+Pi
PP-+GMP→G-PPP-
總式：PPP-+GMP→G-PPP-+Pi
（4）起始因子結合5'端帽子結構（詳見翻譯的起始）以招募核糖體。
（5）核糖體從5'端開始掃描，直到遇到AUG開始翻譯（以往認為大多是遇到第一個AUG即開始翻譯，后續觀點認為這種情況并不常見，具體機制尚不完全明確）。