1、眼肌麻痹的鑒別—周圍性眼肌麻痹：
（1）動眼神經麻痹：表現為所支配的全眼肌麻痹， 外斜視；眼內肌麻痹，表現瞳孔散大，光反射和調節反射消失，有復視。
（2）滑車神經麻痹：多合并動眼神經麻痹，表現為內斜視，眼球不能向外轉動，有復視，多見于炎癥、顱底腫瘤、動脈瘤壓迫動眼神經、周圍神經病變、多發性硬化(MS)等。
2、眼肌麻痹的鑒別—核性眼肌麻痹：
核性損害表現為所支配的部分眼肌麻痹，多為雙側，可有臨近結構損害的表現，有交叉癱，多見于腦血管病、腫瘤等。
3、眼肌麻痹的鑒別—核間性眼肌麻痹：
分前核間性和后核間性眼肌麻痹，前者為內側縱束損害，表現為同側眼球可以外展，對側不能內收，外展側可有眼震；后者為橋腦側視中樞到同側外展神經核之間的纖維損害，表現同側眼球不能外展，對側可以內收。多見于腦血管病、腦干腫瘤等。
4、眼肌麻痹的鑒別—核上性眼肌麻痹：
表現為兩眼的共軛運動障礙。主要做眼科檢查、顱腦CT排除顱內器質性病變。
5、眼肌麻痹的鑒別—核上性垂直性眼肌癱瘓：
見于幼年型(C型慢性神經型)尼曼-匹克氏病，多見兒童，少數幼兒或少年發病，眼底可見櫻桃紅斑或核上性垂直性眼肌癱瘓。