睪丸淋巴瘤常常被誤診為精原細胞瘤，有時也被誤診為胚胎癌，誤診率可高達30%～35%。由于治療的方法不同，正確區別睪丸生殖細胞瘤與淋巴瘤尤為重要。
Gowing認為睪丸惡性淋巴瘤通常有如下特征，有助于與精原細胞瘤鑒別：
①細胞較小且胞質少，核/質比例高；
②細胞漿內糖原含量少（精原細胞瘤胞質內糖原含量很高）；
③彌漫性小管間侵犯，可見到殘留的小管，即使深深地埋在腫瘤中，仍可見殘存小管；
④網狀纖維染色，可見，小管周圍被網織層所包繞，出現特有的形態；
⑤靜脈壁特征性侵犯；
⑥睪丸周圍無管內播散；
⑦缺乏間質肉芽腫反應；
⑧主要發生在老年人。
胚胎癌具有上皮樣特征，通常形成肉芽、乳頭或小管結構，而且在一些病人中血清甲胎蛋白（αFP）和（或）絨毛膜促性腺激素（hCG）水平升高。因此，測定這些標記物有助于鑒別診斷。
另外，還需與肉芽腫性睪丸炎，假性淋巴瘤、漿細胞瘤和橫紋肌肉瘤相鑒別。