腦靜脈的血栓形成較少見，其病因有炎性和非炎性兩種，大多數因靜脈竇血栓蔓延所。炎性顱內靜脈系統血栓形成，好發于海綿竇和乙狀竇。乙狀竇血栓形成主要由化膿性中耳炎、乳突炎侵及乙狀竇的骨壁，形成血栓，或先導致通向乙狀竇的靜脈發生血栓，再蔓延至乙狀竇。上矢狀竇血栓形成常由額竇、鼻腔炎癥，腦炎、或腦膿腫引起。或由橫竇、海綿竇、巖竇、翼叢等諸靜脈血栓擴散至上矢狀竇所致。
