短桿菌素是由短桿菌產生。含兩種抗生素，一種為中性的短桿菌肽，約占20%；另一種為堿性酌短桿菌酪肽，約占80%。短桿菌素用丙酮-乙醚混合物處理，短桿菌肽即溶解在此混合溶劑中。不溶解部分可在乙醇-鹽酸中結晶，即得短桿菌酪肽。后者用逆流分溶法可分出A、B、C三種組分，均為環狀多肽。它們之間的區別為：短桿菌酪肽A中L-苯丙氨酸如以L-酪氨酸代替即得B；以D-和L-酪氨酸分別代替A中的D-和L-苯丙氨酸，即得C。短桿菌酪肽A的結構見圖，B和C的結構可由此推得。
