分泌型的酸性磷酸酶按照其最終發揮作用的位置又可分為釋放到環境介質中的酸性磷酸酶和附著在根表面的酸性磷酸酶。分泌到介質中的酸性磷酸酶相對而言更易于研究，是因為可以通過懸浮細胞培養或者幼苗培養的方法，收集液體培養基中的分泌蛋白。通過生化的方法富集、分離、鑒定出不同的酸性磷酸酶，并進行相關的遺傳和生理分析。近些年通過類似的研究方法，科學家們已經從多種不同的物種中鑒定得到了許多酸性磷酸酶，這些物種包括白羽扇豆、菜豆、煙草、以及擬南芥。但附著在根表面的酸性磷酸酶相對而言比較難于研究，因為很難得到大量的蛋白進行生化分析，只有遺傳學的方法是最為有效的研究手段。附著在根表面的酸性磷酸酶可以被一種人工合成的有機磷底物BCIP特異性地檢測出來。在擬南芥根表面，覆蓋一層含有0.01% BCIP、0.5%瓊脂的溶液，室溫放置過夜后，可以看到擬南芥根的表面被染成藍色，藍色的深淺程度反映出擬南芥根表面酸性磷酸酶活性的高低。根表面BCIP染色的方法被廣泛應用于與低磷響應相關的突變體的篩選中，比如：pup1、pup2和pup3突變體先后在1998年和2004年被報道，遺憾的是它們各自的突變基因沒有被鑒定出來 。