1.病原
社區獲得性肺炎的病原主要涉及細菌、支原體、衣原體和病毒4大類。就細菌病原來說，社會獲得性肺炎，除結核桿菌和軍團菌可直接通過飛沫將菌吸入到肺實質，假單胞菌可直接定居于氣管外，其余均為通過吸入來自自體咽喉部的感染因子而獲得的。臨床較為常見的社區獲得性肺炎的細菌病原是肺炎鏈球菌、結核分枝桿菌、流感嗜血桿菌、金黃色葡萄球菌、軍團菌、克雷伯桿氏菌和卡他摩拉克菌等。社區獲得性肺炎的病毒病原有甲、乙型流感病毒，1、2、3型類流感病毒，呼吸道合胞病毒和腺病毒等。其他微生物病原有肺炎支原體、肺炎衣原體和鸚鵡熱衣原體等。
2.病原學分析
（1）就細菌而言，社區獲得性肺炎與醫院內獲得性肺炎相反，主要是由革蘭陽性菌所致，其中以肺炎鏈球菌最為常見，其陽性率占已知病原的40%～60%，其次為結核桿菌及金黃色葡萄球菌。
（2）80%的病源為單一致病菌，20%存在兩種或兩種以上致病菌，對一些結核病人可檢查到多種病原體，這可能表明原來的共生菌在結核病人身上可能成為致病菌。
（3）一些重型社區獲得性肺炎患者多發生在60歲以上者且多具某些基礎疾病如糖尿病，慢性阻塞性肺疾患，這些患者則有較大比例（20%～30%）的病源為革蘭陰性桿菌。而在青年人群中，院外細菌性肺炎的致病菌則不同，大部分以革蘭陽性菌感染為主。
（4）在住院治療的社區獲得性肺炎患者中無病原學依據的患者為30%～50%，其原因可能是由于在入院前使用過抗生素治療或是由于所用檢測手段不完備所致。