等位基因（allele），是指位于一對同源染色體相同位置上控制同一性狀不同形態的基因。
注釋：同源染色體是在二倍體生物細胞中，形態、結構基本相同的染色體，并在減數第一次分裂（參考減數分裂）的四分體時期中彼此聯會（若是三倍體及其他奇數倍體生物細胞，聯會時會發生紊亂），最后分開到不同的生殖細胞（即精子、卵細胞）的一對染色體，在這一對染色體其中的一條來自母方，另一條來自父方。
