1、耐藥革蘭陽性菌所致的嚴重感染，包括 MRSA或 MRCNS、氨芐西林耐藥腸球菌屬及青霉素耐藥肺炎鏈球菌所致感染；也可用于對青霉素類過敏患者的嚴重革蘭陽性菌感染。替考拉寧不用于中樞神經系統感染。
2、粒細胞缺乏癥并高度懷疑革蘭陽性菌感染的患者。
3、萬古霉素尚可用于腦膜炎敗血黃桿菌感染治療。
4、口服萬古霉素或去甲萬古霉素，可用于重癥或經甲硝唑治療無效的艱難梭菌腸炎患者。
5、萬古霉素或去甲萬古霉素通常不用于手術前預防用藥。 但在 MRSA感染發生率高的醫療單位及/或一旦發生感染后果嚴重的情況，如某些腦部手術、心臟手術、全關節置換術，也有主張（去甲）萬古霉素單劑預防用藥。