早年LN患兒多死于尿毒癥，病死率達60%～80%因正確診斷，分型及診療手段改變其病死率已下降至18.9%～25.4%。下列因素可能影響預后：
1.臨床表現 持續大量蛋白尿血尿、高血壓、貧血血肌酐水平已升高者預后不良反復感染也影響預后。
2.病理類型 Ⅰ、Ⅱ型一般不發展為終末期腎預后不良者多死于并發癥；Ⅲ型可能發展成慢性腎功能衰竭，但5年存活率仍達75.8%Ⅳ型病情危重，預后不良，但及時正確治療5年生存率可從25%提高到80%。Ⅴ型若有附加增生性病變(c、d亞型)預后不良，與Ⅳ型相似。公認有大量內皮下電子致密物沉著、合并血管病變、腎功能惡化需替代治療者預后惡劣。
3.其他 家長、病兒對治療目標的理解和支持以及環境因素也同樣影響預后