對于輕度污染的流通池．可以用流通池在線的方式清洗。對于重度污染的流通池,在線沖洗一般不會奏效。應該將流通池組件從儀器上拆下來清洗。
步驟如下：擰松位于樣品流通池上端的固定螺絲。取流通池組件,分別拆下進出口處的接頭；再擰下三顆固定窗片的螺絲后取下不銹鋼片,就可將流通池的2片石英窗片取下來。注意別遺失窗片與流通池本體接觸部分的塑料王密封圈。將窗片與流通池本體分別放入2個裝有甲醇的燒杯中,超聲清洗20min。如污染特別嚴重,可在更換甲醇后,繼續超聲20min：也可用脫脂棉蘸上甲醇清洗窗片。然后再超聲。清潔完畢后,控干溶劑,放人80℃烘箱,待30 min后取出,冷卻至室溫后組裝。在組裝流通池組件時．須注意3個螺絲的松緊程度要以流通池通入流動相后,不漏液為原則：流通池上的3個螺絲必須交叉擰緊,否則容易造成漏液：若3個螺絲擰得過緊．會將石英窗片弄碎 。