1. 雙氣囊小腸鏡可分為經口進境和經肛進境。經口進境方法類似胃鏡檢查，
直視下送鏡，依次經過食管、胃、十二指腸球部及降部。當內鏡頭端進入至十二指腸水平段后，先將小腸鏡的內鏡氣囊充氣，使內鏡頭部不易滑動，然后將外套管沿鏡身滑插至內鏡前部，隨后將外套管氣囊充氣，此時兩個氣囊均已充氣，內鏡、外套管與腸壁已相對固定，然后緩慢拉直內鏡和外套管，縮短腸管。接著將內鏡氣囊放氣，操作者將內鏡緩慢循腔進境向深部插入，直至無法繼續進鏡，再依次將內鏡氣囊充氣，使其與腸壁相對固定，并同時釋放外套管氣囊，外套管沿鏡身前滑，如此重復上述充氣、放氣、推進外套管和向后牽拉操作，直至到達病灶。
2. 經肛門進鏡，操作方法與經口途徑相同，但由于雙氣囊小腸鏡的鏡身較軟，
容易在結腸內結襻，可利用外套管增加鏡身的硬度減少操作困難。小腸鏡越過回盲瓣是經常遇到的一個技術困難。在結腸內應盡量少注氣，到達盲腸可將內鏡氣囊和外套管氣囊均充氣后，緩慢拉直內鏡及外套管，取直鏡身，釋放氣囊后，看清瓣口進境。
3. 從口或肛門進鏡主要根據小腸可疑病變部位的不同來決定。通常情況，經
口進鏡可抵達回腸中下段，經肛門進鏡可達空腸中上段，這樣交叉進鏡可對整個小腸進行完全、徹底的檢查。如果經口或經肛檢查未發現病變，可在到達的小腸部位做標記，并從另一側進境。
4.在操作過程中可根據需要從活檢孔道內注入30%泛影葡胺，在X線透視下了解內鏡的位置、腸腔狹窄和擴張的情況、內鏡離末端回腸的距離等。小腸鏡還能在檢查過程中進行活檢、止血、息肉切除、注射等治療，實現了檢查、治療于同一過程中完成。與其他內鏡檢查相比，小腸鏡檢查的時間相對較長，約90分鐘左右，在清醒鎮靜或全麻下檢查，患者的耐受性和安全性均良好。