1、高壓勻漿破碎法（homogenization）
高壓勻漿器是常用的設備，它由可產生高壓的正向排代泵（positive displacenemt pump）和排出閥（discharge valve）組成，排出閥具有狹窄的小孔，其大小可以調節。細胞漿液通過止逆閥進入泵體內，在高壓下迫使其在排出閥的小孔中高速沖出，并射向撞擊環上，由于突然減壓和高速沖擊，使細胞受到高的液相剪切力而破碎。在操作方式上，可以采用單次通過勻漿器或多次循環通過等方式，也可連續操作。為了控制溫度的升高，可在進口處用干冰調節溫度，使出口溫度調節在20℃左右。在工業規模的細胞破碎中，對于酵母等難破碎的及濃度高或處于生長靜止期的細胞。
2、振蕩珠擊破碎法 (Skaking Bead)
將等體積的小量組織樣品與高密度的ZircoBeads放入可密封的2ml螺旋蓋微量管中，再加入緩沖液與穩定成份到1.5ml的體積，用6500RPM振湯機高速上下振動8秒，休息8秒，再振動8秒即可。此方法是目前最快且一次可處理最多樣品的方法。 一臺機器最多可以在一天處理2400支樣品。對小量且多樣的人很方便。
3、高速攪拌珠研磨破碎法（fine grinding）
研磨是常用的一種方法，它將細胞懸浮液與玻璃小珠、石英砂或氧化鋁等研磨劑一起快速攪拌，使細胞獲得破碎。在工業規模的破碎中，常采用高速珠磨機 。
4、超聲波破碎法（ultrasonication）
超聲波破碎法利用超聲波振蕩器發射的15-25kHz的超聲波探頭處理細胞懸浮液。 超聲波振蕩器有不同的類型，常用的為電聲型，它是由發生器和換能器組成，發生器能產生高頻電流，換能器的作用是把電磁振蕩轉換成機械振動。超聲波振蕩器以可分為槽式和探頭直接插入介質兩種型式。
5、撞擊破碎法