1、細菌素以生產菌而命名：如大腸桿菌產生的細菌素稱大腸桿菌素，乳酸菌產生的稱為乳酸鏈球菌素（乳鏈菌肽，Nisin），綠膿桿菌產生的稱綠膿桿菌素。
2、細菌素根據化學結構、穩定性和分子量大小可分為4類。
第一類定義為羊毛硫抗生素（Lantibiotics），是一類小分子的修飾肽，含19-50個以上的氨基酸分子，分子活性部位有羊毛硫氨酸（Lanthionine）、β-甲基羊毛硫氨酸（βmethyllanthionine）、脫氫酪氨酸（Dehydrobutyrine）和脫氫丙氨酸（Dehydroalanine）等非編碼氨基酸。Lantibiotics又可細分為兩個亞類：Ia類是由在靶目標膜上形成孔道的陽離子和疏水基團組成的肽，它與結構穩定的Ib類相比，結構的伸展性更好；Ib類是球狀的肽類，它不帶電或帶負電。
第二類是小分子的熱穩定肽（SHSP），分子量小于10Kda，具有疏水性和膜活性，其結構特征為：N末端信號肽序列長度為18-21個氨基酸，前導肽鏈由一個蛋氨酸，并常隨一個賴氨酸；有活性的細菌素其N—末端+1的位置上通常是賴氨酸或精氨酸。可以分為3個亞類：Iia類N-末端氨基酸序列為Tyr-Gly-Asn-Gly-Val，并由兩個半胱氨酸所構成的S-S橋，對利斯特氏桿菌有活性；Iib類孔道復合物由兩個具有不同氨基酸序列的肽類寡聚體形成；Iic類能被硫醇激活、活性基團要求有原性半胱氨酸殘基。
第三類是熱敏感的大分子蛋白（LHLP），分子量一般大于10Kda，通常在100℃或更低溫度30s內即失活，它們的抑菌譜較窄。
第四類是復合型的大分子復合物，除蛋白質外含有碳水化合物或類脂基團，目前這類細菌素還未被純化。
第二、三、四類細菌素由于不含羊毛硫氨基酸，所以通常又被稱為非羊毛硫抗生素（Non-lantibioticbacteriocin）