非耐藥結核菌感染及早期診治多可痊愈。胸膜結核未治療者，25%在2年內發生肺或肺外結核。結核性腦膜炎有昏迷者病死率可達30%。下列情況預后也較差：肺結核并發肺纖維化、肺心病，心包結核患者年齡大、心包液發展快、心肌損害重，腸結核并發腸梗阻、腸穿孔，肝脾結核確診晚、黃疸或結核性肝膿腫向胸、腹腔穿破者等。
