由于抗菌藥物的廣泛使用，全球耐藥情況非常嚴峻，應該說所有細菌都已經有耐藥現象發現，對抗菌藥物完全敏感的細菌幾乎不存在了，但根據耐藥的嚴重程度，可以稱為超級耐藥細菌的主要有：
(1)耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(MRSA)。
(2)耐萬古霉素腸球菌(VRE)。
(3)耐萬古霉素葡萄球菌(VRSA)。
(4)耐碳青霉烯類腸桿菌科細菌（包括NDM -1）。
(5)多重耐藥銅綠假單胞菌(MDR -PA)。
(6)泛耐藥不動桿菌(PDR -AB)。
(7)產ESBL腸桿菌科細菌。
(8)多重耐藥結核桿菌(XTB)。 [1]
引起全球關注的耐藥革蘭氏陽性菌包括：耐甲氧西林葡萄球菌（Methicillin resistant Staphylococci，MRS）、耐青霉素肺炎鏈球菌（Penicillin resistant Streptococcus pneumoniae，PRSP）、耐萬古霉素腸球菌（Vancomycin resistant Enterococcus，VRE）及耐萬古霉素金黃色葡萄球菌（Vancomycin resistant S.aureus，VRSA）。
耐藥革蘭陰性菌包括超廣譜β內酰胺酶（Extended-spectrum β-lactamases，ESBL）產生菌，以腸桿菌科中的克雷伯菌屬及大腸埃希菌產生最為多見，也見于變形桿菌屬、普羅菲登菌屬、腸桿菌屬細菌。該類酶能水解第三代頭孢泊肟、頭孢他啶、頭孢曲松、頭孢噻肟或單環類β-內酰胺類氨曲南，其活性能被克拉維酸及頭霉素類抑制。
源自氨芐西林耐藥基因amp的頭孢菌素酶（Amp Cephalosporinase，AmpC）產生菌，主要見于腸桿菌屬、枸櫞酸菌屬、沙雷菌屬、假單胞菌屬及蜂房哈夫尼亞菌，細菌一旦產生AmpC菌素，頭孢西丁、頭孢替坦等頭霉素類及克拉維酸、舒巴坦、他唑巴坦等β-內酰胺酶抑制劑耐藥。
若細胞同時產生ESBL和質粒型AmpC酶稱為超超廣譜β-內酰胺酶（Super-spectrum β-Lactamase，SSBL），該類菌株的耐藥性更強，傳播更易，使相應細菌感染的控制更為棘手。
酶抑制劑耐藥的β-內酰胺酶源于TEM-1、TEM-2型酶。最初定名為“IRT，Inhabitor-resistant TEM β-lactamase”，以后均以TEM系列命名，常見于大腸埃希菌，也見于某些肺炎克雷伯菌、臭鼻克雷伯菌、奇異變形桿菌及弗勞地枸櫞酸桿菌菌株，對阿莫西林、氨芐西林、替卡西林聯合克拉維酸、舒巴坦的復合制劑耐藥，但對他唑巴坦復合制劑，如哌拉西林/他唑巴坦則高度敏感。
能水解泰能等碳青霉烯類的β-內酰胺酶逐漸增多，大部分屬于分子分類中活性部位帶Zn的Class B中的金屬-β-內酰胺酶（Metallo-β-Lactamase），其活性可被EDTA抑制。見于革蘭氏陽性及革蘭氏陰性菌，如：蠟樣芽孢桿菌、鼻疽布霍德爾菌、脆弱似桿菌、軍團菌、芳香黃桿菌、黃單胞菌屬及氣單胞菌屬中的不同種細菌；有的屬于分子分類中活性部位帶絲氨酸的Class A酶，常見于陰溝腸桿菌，粘質沙雷菌，鮑曼不動桿菌、肺炎克雷伯菌，這些酶可被克拉維酸抑制，而不受EDTA的影響，能高度水解亞胺培南，同時也能水解氨芐西林、羧芐西林和頭孢拉定，有時還和AmpC酶同時存在，介導更廣泛的耐藥。
對異煙肼和利福平耐藥的多重耐藥結核分枝桿菌（Multidrug resistance Mycobacteria tuberculosis,MDR-Tb）使抗結核治療面臨更加艱巨的歷程。