肛瘺是復雜的，需要對它們進一步細分。國內外從多個角度給出很多分類方案。這里介紹目前臨床最常用的分類方法。
1.高位低位
1934年英國S.mark醫院的Millgan和Morgan用齒線作為分界線。這種分法簡單明了，實用性很強。齒線是肛門與直腸的分界線，可以在肛門鏡下清晰可見。齒線處的肛竇是肛瘺的感染內口，以此線為起點，向上就是高位肛瘺，向下就是低位肛瘺。
1975年國內肛腸界在河北省衡水市召開了我國歷史上的第一次全國肛腸會議，在這次會議上確定肛門外括約肌的深部是高低位的分界線。
2.單瘺多瘺
數外口或數瘺管，如果就只有一個，稱為單純性肛瘺，如果是多個，就叫復雜性肛瘺。但有些瘺管過長，或彎曲，臨床也可以稱為復雜性肛瘺。復雜性肛瘺有時是單內口，有是是多內口，這要分清，因為臨床的治療方法不同。這一分類方法是1975年我國學者在衡水肛腸會議上提出的，目前在臨床上被廣泛采用。
3.皮下黏膜下
大部分的肛瘺都穿越了肛門括約肌，但皮下黏膜下肛瘺是個例外。這是兩類最表淺的肛瘺，基本都位于括約肌的內側。位于肛緣皮下的叫皮下瘺，肛緣一周都可能發病。離肛緣都很近，一般不超過5cm，內口位于與外口對應的齒線處。位于直腸黏膜下的叫黏膜下肛瘺，內口位于同點位齒線。