肛瘺的分類方法較多，目前國際上應用最為廣泛的是Parks分類，即根據瘺管與內外括約肌及肛提肌的走行關系進行的分類。國內常用的還有按瘺管位置高低而進行分類。
1.按瘺管位置高低
（1）低位肛瘺 內口在肛門隱窩，瘺管位于外括約肌深部以下。可分為低位單純性肛瘺（只有1個瘺管）和低位復雜性肛瘺（有多個瘺口和瘺管）。
（2）高位肛瘺 內口在肛門隱窩，瘺管位于外括約肌深部以上。可分為高位單純性肛瘺（只有1個瘺管）和高位復雜性肛瘺（有多個瘺口和瘺管）。
2.按瘺管與括約肌的關系（Parks分類）
（1）肛管括約肌間型 約占肛瘺的70%，多因肛管周圍膿腫引起。瘺管位于內外括約肌之間，內口在齒狀線附近，外口大多在肛緣附近，為低位肛瘺。
（2）經肛管括約肌型 約占25%，多因坐骨肛管間隙膿腫引起，可為低位或高位肛瘺。瘺管穿過外括約肌、坐骨直腸間隙，開口于肛周皮膚上。
（3）肛管括約肌上型 為高位肛瘺，較為少見，約占4%，瘺管在括約肌間向上延伸，越過恥骨直腸肌，向下經坐骨直腸間隙穿透肛周皮膚。
（4）肛管括約肌外型 最少見，僅占1%。多為骨盆直腸間隙膿腫合并坐骨肛管間隙膿腫的后果。瘺管自會陰部皮膚向上經坐骨直腸間隙和肛提肌，然后穿入盆腔或直腸。這類肛瘺常因外傷、腸道惡性腫瘤、Crohn病引起，治療較為困難。
從保護肛門功能的角度出發，手術后易導致肛門失禁的肛瘺，均歸類于復雜性肛瘺，包括當瘺管穿越外括約肌的30%～50%以上（高位括約肌間型、括約肌上型、括約肌外型），女性前側瘺管，多個瘺管，復發性瘺管。